О российской тест-системе по выявлению иммунитета к коронавирусу, которая разрабатывается в лаборатории "Вектор".
Оригинал prof-afv.livejournal.com – "Исследование на антитела к коронавирусу. Зачем? Что ожидать от результатов?: prof_afv — LiveJournal"
(06.04.2020)
Исследование на антитела к коронавирусу. Зачем? Что ожидать от результатов?
Вчера Роспотребнадзор анонсировал исследование, целью которого является определение величины «иммунной прослойки» (устойчивых к коронавирусу) среди населения различных регионов России. Это исследование будет проводиться с помощью тест-системы, разработанной в «Векторе», которая позволяет обнаружить антитела против SARS-CoV-2 в сыворотке крови. «По умолчанию» предполагается, что эти антитела свидетельствуют о наличие иммунитета к вирусу.
В этом посте я постараюсь объяснить зачем это нужно (а то что нужно, у меня сомнений не вызывает), какие результаты можно ожидать и что за «рифы» могут встретиться на пути. Текст этот не для «чтения в метро». С учетом нынешнего карантина, самоизоляции, «удалёнки» в самый раз – есть время обдумать.
О чём свидетельствует наличие или отсутствие антител против коронавируса?
Если антител нет, всё просто – этот человек «девственен» в отношении SARS-CoV-2. Правда, возможна оговорка – иногда бывают «ложно-отрицательные результаты». Но это редкость. А вот если человек положителен на антитела, вариантов трактовки больше. Прежде всего это свидетельствует о том, что вирус «успел побывать», а может и остаётся в теле этого человека. Тест-система позволяет определить две разновидности противовирусных антител. В смысле взаимодействия с антигенами вируса они практически эквивалентны, но отличаются тем, на какой стадии инфекции появляются. «Ранние» антитела (они называются IgM) появляются первыми и присутствуют во время острой фазы заболевания. Затем они довольно быстро исчезают. Обнаружение IgM антител говорит о недавнем инфицировании. На смену IgM антителам приходят «поздние» антитела (они называются IgG). Эти антитела достигают высокого уровня по мере выздоровления и остаются приблизительно на этом уровне долго, месяцы и годы. Конкретно, насколько долго в случае SARS-CoV-2, пока не известно. Обнаружение IgG антител свидетельствует о выздоровлении (особенно, если их уровень быстро повышается) или о перенесенной ранее инфекции. Еще раз подчеркну, что и IgM и IgG антитела качественно не отличаются по их способности связываться с вирусом. Их отличия, помимо сроков появления, лежат совсем в другой плоскости, которая не имеет прямого отношения к теме поста.
Далее появляется первый «риф». Антитела, обнаруженные тест-системой «по умолчанию» считаются защитными (исходя из того, что цель исследования – определение величины иммунной прослойки). Но, увы, далеко не всегда противовирусные антитела являются «защитными». Известно много таких примеров, достаточно упомянуть ВИЧ и вирус гепатита С. Защитные антитела, обычно, направлены против основных антигенов на поверхности вирусных частиц. В случае SARS-CoV-2 это гликопротеин S. Но антитела против основного поверхностного антигена вируса тоже не всегда защитные. Например, основной антиген поверхности ВИЧ это гликопротеин gp120. Антитела к этому белку имеются у подавляющего большинства ВИЧ-инфицированных, но от вируса они не защищают. Правда сравнение хронических, персистентных инфекций (ВИЧ, гепатит С) и острой инфекции (SARS-CoV-2) не совсем корректно. Тем не менее нельзя a priory полагать, что антитела, реагирующие с гликопротеином S, являются защитными. Тем более, если антигеном тест-системы является не природный гликопротеин S, а какой-то генно-инженерный продукт или синтетические пептиды, моделирующие гликопротеин S. А ведь именно такого рода продукты скорее всего использованы в тест-системе «Вектор» (какие конкретно пока не опубликовано, а может это коммерческая тайна). Вообще, пока никто в мире не знает антитела к каким именно «кусочкам» гликопротеина S являются надёжным индикатором иммунитета к вирусу. Итак, на данный момент неясно, что именно будет определяться. Первая возможность – антитела это маркер иммунитета. Вторая возможность – антитела это маркёр текущей или перенесенной инфекции безотносительно иммунитета. Интересно, однако, что планируемое исследование само по себе может помочь разрешить эту дилемму. Если получится так (хотелось бы!), что люди, у которых найдены антитела, не будут больше заражаться вирусом, то можно будет заключить, что регистрируемые тест-системой антитела защитные. Как известно, далеко не все «хотелки» реализуются. Но в этом случае, на мой взгляд, шанс есть.
Ложно-положительные результаты определения антител
Тест-система «Вектор» сделана на принципе иммуноферментного анализа (ИФА). Не буду вдаваться в технические детали. Отмечу только что «бес кроется в мелочах». А «мелочей» таких, поверьте, в тестах на антитела предостаточно. Одной из важнейшей характеристик тест-системы является ее аналитическая специфичность (способность реагировать положительно только на те антитела, к выявлению которых она предназначена, и не на какие другие). Специфичность ИФА критически зависит от чистоты антигена и степени сохранности в нём тех «микроструктур» (эпитопов), против которых направлены «настоящие» анти – SARS-CoV-2 антитела. При использовании ИФА, к сожалению, нередко, с антигеном, особенно «искусственным», могут связываться и другие «ненастоящие» антитела. Такие антитела называются перекрестно-реагирующими. В основе таких перекрестных реакций лежит случайное сходство одного из эпитопов антигена тест-системы и какого-нибудь другого антигена, совсем не обязательно вирусного. Следствием этого являются ложно-положительные результаты. Насколько тест-система «уязвима» для такого рода нежелательных перекрестных реакций выяснится в процессе её использования. Уверен, что у разработчиков тест-системы уже есть данные на этот счет. Но только массовое применение покажет насколько серьёзна эта потенциальная проблема. Например в тестировании на ВИЧ и гепатит С она оказалась очень серьёзной и пришлось вводить дополнительные к ИФА «подтверждающие» тесты.
Что такое «популяционное исследование» и зачем оно нужно?
Классический вариант популяционного исследование на антитела (по научному, это называется «сероэпидемиология») в чем-то схож с опросами общественного мнения. В обоих случаях в каждом регионе делается случайная выборка, в которой возрастные группы и половой состав соответствуют структуре населения данного региона. При опросе общественного мнения тем кто попал в выборку задаются вопросы и фиксируются ответы. В сероэпидемиологическом исследовании тех, кто попал в выборку, тестируют на антитела против SARS-CoV-2. Если тест достоверно определяет защитные антитела, результаты такого исследования позволяют оценить величину «иммунной прослойки». Если нет полной уверенности в том что антитела защитные, но они точно противовирусные, тогда результаты исследования позволяют оценить сколько человек в этом регионе перенесло SARS-CoV-2 инфекцию. Такое популяционное исследование легко сделать на бумаге, но очень трудно осуществить, особенно, во время эпидемии. У меня есть сомнения, что это сейчас возможно. Но это совсем не значит, что проводить сероэпидемиологические исследования не нужно. Наоборот, очень нужно. Но на начальном этапе, наверное, придется ограничится исследованием не случайной выборки, а тех людей, образцы сыворотки крови которых реально собрать. Например, персонал лечебных учреждений, сотрудники торговых сетей, сотрудники патрульной службы МВД, всех тех, у кого по долгу службы риск заражения повышен. Можно ожидать, что результаты такого исследования, как минимум, позволят определить какова доля перенесших SARS-CoV-2 инфекцию в этих группах. Попутно выяснится в каком проценте случаев инфекция SARS-CoV-2 была бессимптомной. Ну, а если повезёт и окажется, что определяемые антитела защитные, то тогда можно будет определить кто имеет иммунитет к SARS-CoV-2, а кто нет.
Борис Рожин colonelcassad.livejournal.com 07.04.2020 20:01
Материалы на тему коронавируса присланные читателями.
Даю подборкой, чтобы не плодить орду тем про коронавирус – выбираете понравившееся и читаете.
1. Коронавирус и "болезнь вейпов" - km.ru/world/2020/04/05/virusnye-zabolevaniya-i-ikh-lechenie/872731-amerikantsy-dolzhny-koe-chto-obyasnit (06:25 6.04.2020 , Андрей Паршев) - Летом 2019 года в США бушевала так называемая "болезнь вейпов", которая имела некоторую схожесть с коронавирусной инфекцией.
2. Украинцы повально теряют работу в Польше из-за коронавируса - rubaltic.ru/article/politika-i-obshchestvo/01042020-ukraintsy-v-polshe-povalno-teryayut-rabotu-iz-za-koronavirusa/ (01.04.2020, 16:50) - о последствиях пандемии для украинских заробитчан в Польше
3. Бывший депутат Госдумы назвал призывы о помощи к государству мародерством - lenta.ru/news/2020/04/05/maroderstvo/ (16:38, 5 апреля 2020) На этот счет будет пара материалов ниже, очень к месту получилось.
4. Скулеж Атлантов - vk.com/@remi_meisner-skulezh-atlantov - Реми Мейснер о недовольстве малого и среднего бизнеса, который то жуликами, то мародерами назовут.
5. Пандемия и нерабочие дни - prorivists.org/44_covid19-2/ (05.04.2020, 17:43 (06.04.2020, 12:22)) - За фасадом коронавируса скрывается классический кризис перепроизводства, где средний класс и средняя/малая буржуазия "внезапно" оказываются в числе главных жертв.
6. О применении риватрила - legifrance.gouv.fr/affichTexte.do?cidTexte=JORFTEXT000041763328&categorieLien=id - Читатель из Франции указывает на то, что согласно недавнему решению французских властей, медикам разрешено применять риватрил (препарат используется при эвтаназии), что вызвало бурление twitter.com/search?q=rivotril&src=typed_query в французских интернетах.
7. Хайп и неадекватность - shaman-norveg.livejournal.com/1654.html (2020 04 05 17:19:00) - о развитии пандемии и различиях в мерах предпринимаемых правительствами разных стран.
8. Штрихи к портрету Иисуса Васильева - facebook.com/andriy.manchuk/posts/3365827843446468 - В общем, если бы его даже грохнули, я бы не сильно расстроился. Таким карантин уже не поможет, болезнь давно пожрала мозг.
9. Кризисный менеджмент во время короны - prometej.info/novyj-staryj-konflikt-v-es-krizisnyj-menedzhment-vo-vremya-korony/ - немецкие коммунисты о том, как Евросоюз во время пандемии "про...терял все полимеры".
Комментарии на colonelcassad.livejournal.com
alice 272
Добавлю, потому что аллергий сейчас много, и все дыхательное может много кого коснуться. Если к новой заразе иммунитет пожизненный не будет образовываться, болеют, поправляются от COVID-19, что то очень долго пока. Числятся выздоравливающими уже месяца по 2, на графиках. Уже бы пора и выздороветь, а люди все как то не так. Натрия кромогликат сокращает тучные клетки, что то такое делает, что они перестают образовываться. Тучные клетки выражаются в нечеловеческой липкости мокроты, секрета дыхательных путей, залепляющего все, как клеем, быстро. Как реакция на раздражитель или аллерген. Защитная реакция слизистой дыхательных путей (нос, аллергический насморк, бронхит включительно).
Астматик защищается быстро и очень круто – все залепляет немедленно этим клейстером внутри себя, тучными клетками, и враг не пройдет! Ну и гибнет, срочно залепив свои дыхательные пути). Можно сказать, астматик производит клей Момент в самом неподходящем месте. Натрия кромогликат это дело прекращает. Просто нет и все. Постоянно пожизненно нельзя, надо делать перерывы в его использовании. Реакция организма залепить все, в принципе, правильная. В общем и целом. Но чтобы не совсем дыхательные пути заклеивать то! Это уж слишком. Старые пульмонологи определяют астму по виду мокроты. Глянут все белое, прозрачное, и можно ей клеить обои, главный признак. И можно сэкономить, анализ уже дальше не сдавать. Хороший клейстер, хороший такой астматик. Вот от этого людям нужен натрия кромогликат.
kleinzack3
С тех пор, как французы начали считать всех умерших от коронавируса, а не только тех, кто умер в больнице, их цифры начали стремительно расти. У них там мор в домах престарелых, старики мрут массово по 10-40 человек единомоментно, после занесения в дом престарелых вируса.
В Германии положение не лучше, но учитывают только умерших в больнице.
kleinzack3
Новости из Европы
Финны начали массовое тестирование граждан на антитела к коронавирусу.
В Швеции растет суточное число смертей. Сегодня за день уже 100+. Правительство получило полномочия на карантинные меры, но пока их не объявляет.
В Германии суды заворачивают иски граждан на якобы нарушения их прав и свобод. В частности в Гессене получил отлуп гражданин, подавший в суд на запрет богослужений в церквях.
Формулировка суда в таких случаях стандартная "Несмотря на беспрецедентные ограничения прав и свобод граждан, их цель помешать распространению инфекции".
kleinzack3
В Германии рулит правильно проведенный статистический учет.
Про сотни тысяч тестов в день – сказки.
Изначально проводилось 12 тысяч в день, при этом заявлялось, что есть возможность увеличить число тестов до 160 тысяч в неделю. Потом и эту цифру увеличили. На данный момент потолок 40 тысяч в день.
Вот сообщение от 2 апреля
Ученые исследуют возможность увеличения тестирования с 40 тысяч в день до 200-400 тысяч.
www.soester-anzeiger.de
Институт Хопкинса утверждает, что в Германии всего сделано около миллиона тестов на сегодняшний день.
sergio buk
До семи дней на маске
Ученые из Университета Гонконга изучили, как долго коронавирус остается заразным на различных поверхностях при комнатной температуре. По их данным, на внешней поверхности хирургической маски коронавирус сохраняется до семи дней. Соответствующее исследование было опубликовано в научном журнале Lancet.
Etshe chego zahoteli
В порядке справки
— имунно-ферментные тесты на nCov-SARS2, применяемые за рубежом дают около 5% ложно-положительных результатов (именно в силу этого популяционное обследование в Германии отложено до появления более точных тестов).
— риватрил (более у нас известный как Клоназепам) используется, в основном, не для эвтаназии, а для лечения эпилепсии (особенно у детей), судорог и судорожных припадков, некоторых видов фобий и много чего еще. Так что совершенно непонятно, почему для его применения потребовалось специальное разрешение.
|